国際常民文化研究機構の3つの柱の一つである事業運営の総合的推進において、学際的・国際的な共同研究拠点の確立を目指し、学内運営委員会の主導の下に海外研究機関との学術交流を進めている。
2009年11月には、中国の上海海洋大学経済管理学院・海洋経済文化研究センターおよび中国海洋大学海洋文化研究所と、海洋文化についての学術交流協定を締結した。2009年12月には、韓国の釜慶大学校海洋文化研究所と常民文化研究に関する学術交流協定を、また慶北大学校嶺南文化研究院とは常民文化と生活史研究に関する学術交流協定を、2011年4月には、木浦大学校島嶼文化研究院と島嶼および海洋文化研究に関する学術交流協定を締結した。
今後、アジアおよび欧米をはじめ各地域の研究機関との協定締結ならびに学術交流を順次推進していく。
なお、2012年度より、上記の協定校が中心となって、海洋文化研究のネットワークである「東アジア島嶼海洋文化フォーラム」が発足した。第1回フォーラムを2013年度に鹿児島大学で行った後、上海海洋大学、韓国国立木浦大学校、台湾海洋大学、神奈川大学、広東海洋大学等が開催校となって毎年開催され、海洋文化に関わる国際的な討論の場となっている。